Medzi 17 národných prírodných pamiatok patria najvýznamnejšie jaskyne a priepasti nachádzajúce sa v územnej pôsobnosti Správy Národného parku Slovenský kras so sídlom v Brzotíne zapísané do Zoznamu svetového kultúrneho a prírodného dedičstva UNESCO. Sú to Ardovská jaskyňa, Brázda, Jaskyňa Domica, Drienovská jaskyňa, Gombasecká jaskyňa, Hrušovská jaskyňa, Jasovská jaskyňa, Krásnohorská jaskyňa, Silická ľadnica, Jaskyňa Milada, Jaskyňa Skalistého potoka, Diviačia priepasť, Kunia priepasť, Obrovská priepasť, Snežná diera a Zvonivá diera a Ochtinská aragonitová jaskyňa.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Je to jaskyňa fluviokrasového typu. Vytvorená je v strednotriasových svetlých wettersteinských vápencoch v dvoch vývojových úrovniach. Dĺžka chodieb dosahuje 1 550 m. Sintrovú výzdobu tvoria krátke brčká, palicové a malé guľové stalaktity, záclony a až 3 m vysoké masívne stalagmity. Jaskyňa je dôležitá z archeologického i antropologického hľadiska.
Hĺbka priepasti je 181 m. Je to najhlbšia priepasť Silickej planiny. Vytvorená je v strednotriasových svetlých wettersteinských vápencoch. Skladá sa zo sústavy komínov, oddelených od seba ôsmymi horizontmi. Zo sekundárnej výplne je najzaujímavejšia sintrová výzdoba hráškovitého tvaru. Za NPP bola vyhlásená v roku 1996.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Predstavuje spletitú vertikálnu sústavu puklinových priepasťových dómov navzájom prepojených. Jej hĺbka je 123 m. Je vytvorená vo wettersteinských vápencoch a svetlých dolomitoch. Steny priepasti sú pokryté sintrovou výzdobou – sintrové kaskády a záclony, pizolitové výrastky i trsy kríčkovitého a kostrovitého kalcitu. Na dne leží i zasintrovaná kostra diviaka stará asi 3000 rokov.
Za NPP bola jaskyňa Domica vyhlásená v roku 1996. Jaskyňa bola objavená v roku 1926. Je vytvorená v strednotriasových svetlých wettersteinských vápencoch eróziou podzemných tokov Styxu a Domického potoka v troch vývojových úrovniach. Celková dĺžka podzemných priestorov je 5 368 m. Zo sintrovej výplne sú typické štíty a bubny, kaskádové jazierka, cibuľové stalaktity a pagodovité stalagmity. S jaskyňou Baradla v Maďarskej republike tvoria jednotný genetický celok o dĺžke asi 25 km. Jaskyňa je sprístupnená od roku 1932. Je dôležitá z archeologického i antropologického hľadiska a je jedným z najvýznamnejších nálezísk bukovohorskej kultúry na Slovensku.
Je súčasťou prírodnej rezervácie Palanta. Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Ide o jaskyňu erozívneho pôvodu v dvoch vývojových úrovniach, vytvorenú vo wettersteinských vápencoch. Dĺžka jaskyne je 1 348 m s výškovým rozdielom 85 m. Jej výzdobou sú rozličné erozívne tvary, sintrová výzdoba, kôry kryštalického sádrovca, kríčkovitý aragonit a kalcitové drúzy. Jaskyňa je dôležitá z archeologického i antropologického hľadiska.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Jaskyňa bola objavená v roku 1951, cez Čiernu vyvieračku. Je vytvorená v strednotriasových svetlých wettersteinských vápencoch v dvoch vývojových úrovniach. Vznikla eróznou činnosťou Čierneho potoka pozdĺž tektonických porúch. Dĺžka jaskyne je 1 525 m. Z výzdoby sú unikátne tenké sintrové brčká dĺžky až 3 m, stalaktity, stalagmity, rôzne sintrové náteky a kôry. Jaskyňa je sprístupnená od roku 1955 v dĺžke 285 m.
Je súčasťou prírodnej rezervácie Hrušovská lesostep. Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Bola objavená v roku 1978. Hrušovská jaskyňa je výverovou jaskyňou podzemného toku Eveteš na antiklinálnej elevácii verfénskych bridlíc. Vznikla v riečnych triasových vápencoch silického príkrovu, v troch vývojových úrovniach. Jaskynné chodby majú erozívny charakter, ústia do viacerých väčších jaskynných dómov o výške až 15 m. Okrem bežnej jaskynnej výzdoby unikátne sú monokryštály kalcitu, heliktity a výrastlice sintrových kryštálov. Celková dĺžka známych priestorov je 780 m.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Leží v Národnej prírodnej rezervácii Jasovské dubiny. Vytvorená je v strednotriasových sivých gutensteinských vápencoch a svetlých steinalmských vápencoch a dolomitoch bývalým ponorným potokom Bodvy v piatich vývojových úrovniach. Dosahuje dĺžku 2 811 m a vertikálne rozpätie 55 m. Sinrtovú výzdobu tvoria stalagmity, stalagnáty, štíty, bubny, brčká a i. Objavená bola už v 13. storočí. Je sprístupnená od roku 1846 v dĺžke 550 m. Jaskyňa je dôležitá aj z archeologického hľadiska.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Jaskyňa bola objavená v roku 1964. Vytvorená je v strednotriasových sivých gutensteinských vápencoch a svetlých steinalmských vápencoch a dolomitoch. Dosahuje celkovú dĺžku 1 355 m. Predstavuje typ riečnej jaskyne. Podzemný vodný tok sa na povrch dostáva vyvieračkou Buzgó. Jaskyňa je tvorená mohutnými komínmi a sieňami o výške až 120 m. Výzdobu tvoria stenové sintre a pizolity, stalaktity a stalagnáty. Unikátna je najmä mohutným Kvapľom rožňavských jaskyniarov dosahujúcim výšku až 32,6 m. Je sprístupnená od roku 2004 a je možné ju navštíviť v sprievode skúsených vodcov v kompletnom jaskyniarskom výstroji.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Patrí do jaskynného systému Skalistého potoka. Objavená bola v roku 1947, záverečný sifón v hĺbke 203 m sa dosiahol v roku 1986. Predstavuje systém vertikálnych dutín na rôznom stupni skrasovania vápencov wettersteinského typu. Rôzne smerové dislokácie ich výškovo členia na samostatné stupne. Dosahuje dĺžku 813 m. V niektorých priestoroch je prítomná sintrová výzdoba s brčkami a sintrovými kaskádami.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Je to jaskyňa fluviokrasového typu. Vytvorená je v strednotriasových sivých gutensteinských vápencoch a svetlých steinalmských vápencoch. Dĺžka doteraz známych podzemných priestorov je okolo 800 m. Tvorí ju 7 dómov, najväčší o dĺžke 65 m. Jaskyňa má bohatú kvapľovú výzdobu, z ktorej vynikajú najmä mohutné kvapľové drapérie.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Objavená bola v roku 1959 a zameraná v roku 1967. Je to priepasť korózneho typu s celkovou hĺbkou 100 m, založená vo svetlých wettersteinských vápencoch. Je členená na viacero menších šácht a dómov, z ktorých najväčšia má hĺbku až 63 m. Steny sú pokryté sintrovou výzdobou hlavne v bočnom dóme „Galéria“.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Úvodná priepasť je zaľadnená v dôsledku zrútenia prechodu do dolných častí. Je to njnižšie situovaná jaskyňa s ľadovou výplňou. Jaskyňa v dĺžke 1 100 m pokračuje pozdĺž Čierneho potoka sériou veľkých dómov a siení v striedaní s úzkymi časťami a sifónnmi. Je vytvorená v strednotriasových svetlých wettersteinských vápencoch. V zadných sieňach je prítomná i sekundárna sintrová výzdoba – dlhé a krehké sintrové brčká. Má význam aj z archeologického hľadiska. Sprístupnená je vstupná portálová časť jaskyne.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Jaskyňa predstavuje krasový výver prameňa Skalistého potoka. Jaskynný systém dosahuje celkovú dĺžku 6 310 m s výškovou amplitúdou 345 m, ktorý je vytvorený vo wettersteinských vápencoch. Zaujímavá je množstvom sifónov a jazier. Je takmer bez sekundárnej výplne, iba s ojedinelými sintrovými kôrami. Výdatnosť vyvieračky je cca 7 l/s , v prípade väčších zrážok sa zvyšuje na 300 l/s až 700 l/s.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Preskúmaná bola v roku 1955. Je to 23 m hlboká priepasť a 45 m dlhá jaskyňa, ktorú tvorí 10 až 20 m vysoká puklina vytvorená vo svetlých wettersteinských vápencoch. Jaskyňa funguje ako dynamická ľadová jaskyňa. Vytvára sa v nej ľad tvoriaci kvaple a povlaky na stenách. Ľad sa udržuje po celý rok. Teplota vzduchu v auguste sa pohybuje okolo 0,25°C.
Za NPP bola vyhlásená v roku 1996. Podrobne preskúmaná bola v roku 1957. Ide o priepasťovitú jaskyňu, ktorá je vytvorená v masívnych svetlých organodetrických vápencoch stredného triasu. Hĺbka priepasti je 100,5 m. Podzemnú časť jaskyne tvorí puklinový priestor o rozmeroch 220x40x40-50 m. Dóm „Galéria“ prestavuje obrovské zasintrované suťovisko, na ktorom vznikli pagodové stalagmity. Najvyšší „Stĺp hrôzy“ má výšku až 26 m.
Nachádza v Ochtinskom kryptokrase na severozápadnom svahu Hrádku v Revúckej vrchovine medzi Jelšavou a Štítnikom. Jej dĺžka je 300 m. Aragonitová výplň vznikla za špecifických hydrochemických a klimatických pomerov v uzavretých podzemných dutinách. Jaskyňu náhodne objavili v roku 1954 pri razení geologickej prieskumnej štôlne. Jaskyňa bola sprístupnená v roku 1972 v dĺžke 230 m ako jedna z troch aragonitových jaskýň na svete.