Slovenský kras patrí svojou rozlohou medzi najväčšie krasové oblasti v strednej Európe. Vo fytogeografickom členení je zaradený ako samostatný okres, patriaci do oblasti panónskej flóry (Pannonicum), do jej obvodu pramatranskej xerotermnej flóry ((Matricum). Turnianska kotlina, ktorej časť tvorí ochranné pásmo národného parku Slovenský kras je súčasťou okresu Košickej kotliny, ktorá patrí do obvodu eupanónskej xerotermnej flóry (Eupannonicum), Rožňavská kotlina je súčasťou Slovenského rudohoria v obvode predkarpatskej flóry (Praecarpaticum), oblasti západokarpatskej flóry (Carpaticum occidentale).

Rastliny a rastlinné spoločenstvá sú najpôsobivejšou zložkou prírody Slovenského krasu. Sú v nich viditeľné vplyvy ľudského osídlenia a hospodárenia. V pestrej mozaikovitej štruktúre vegetácie sa odráža geografická poloha na styku dvoch floristicky rôznych oblasti (Pannonicum a Carpaticum occidentale), geologická stavba i rozmanitosť krasového reliéfu, inverzia klímy v tiesňavách a veľká diverzita ekotopov vytvorili vhodné podmienky pre vznik endemitov a zachovanie reliktov florogenézy tohto územia. Vegetačnú pestrosť podmieňuje najmä krasový fenomén, ktorý úzko súvisí so zvláštnym zvetrávaním vápencov a ich chemickými procesmi. Doposiaľ bolo pri spracovávaní nelesných vegetačných pomerov tohto územia vylíšených 19 tried, 56 zväzov a 138 asociácií.

Vo vertikálnom členení vegetácie sú v Slovenskom krase zreteľne vytvorené tri výškové (vegetačné) stupne: planárny (do 200 /300/ m), kolínny (200 /300/ až 500 m) a submontánny (500 až 1000 m).

Z botanického hľadiska majú najväčší význam endemické druhy, ktoré sa svojim výskytom viažu na územie Slovenského krasu. V súčasnosti je za endemit Slovenského krasu považovaná chudôbka drsnoplodá Klášterského (Draba lasiocarpa subsp. klasterskyii). Donedávna bola za endemit tohto územia považovaná aj rumenica turnianská (Onosma tornensis), avšak podrobný genetický výskum dokázal, že je totožná s rumenicou sviežou(Onosma viridis), ktorá rastie v banátskej a transylvánskej časti Rumunska. Zo západokarpatských endemitov nájdeme tu druhy ako: hlaváč lesklý vápnomilný (Scabiosa lucida subsp. calcicola), chrastavec slovenský (Knautia slovaca), poniklec prostredný (Pulsatilla subslavica), prvosienka holá karpatská (Primula auricula subsp. hungarica), šafrán spišský (Crocus discolor), tarica horská Brymova (Alyssum montanum subsp. brymii), druh, ktorý bol popísaný z územia Slovenského krasu i zvonček tvrdoplodý (Campanula xylocarpa). Z matranských endemitov a subendemitov sa tu vyskytujú: horčičník bledokvetý (Erysimum pallidiflorum), jarabina Hazslinszkého (Sorbus hazslinszkyana) klinček včasný nepravý (Dianthus praecox subsp. pseudopraecox), peniažtek slovenský (Thlaspi jankae) a iné.

Najväčšie zastúpenie vo flóre Slovenského krasu majú kalcifyty a xerotermné druhy, ktoré sú schopné prispôsobiť (eurytermia) sa nepriaznivému stavu sucha a extrémnym mrazom. Najčastejšie rastú na otvorených skalnatých svahoch planín s južnou alebo juhozápadnou expozíciou. Prevládajú medzi nimi druhy kontinentálnej až mediteránnej oblasti (ponticko-sarmatské, ponticko-panónske, panónsko-karpatské). K najrozšírenejším patria: astra spišská (Aster amelloides), cesnak žltý (Allium flavum), dvojradovec neskorý (Cleistogenes serotina), ďatelinovec bylinný (Dorycnium herbaceum), hlaváčik jarný (Adonis vernalis), hrachor mliečny (Lathyrus lacteus), hrdobarka horská panónska (Teucrium montanum subsp. pannonicum), jagavka konáristá (Anthericum ramosum), kavyľ pôvabný (Stipa pulcherrima), klasovec sivastý (Asyneuma canescens), kosatec bezlistý uhorský (Iris aphylla subsp. hungarica), kostrava panónska (Festuca pannonica), kostrava valéska (Festuca valesiaca), kručinkovec položený (Corothamnus procumbens), ľan chlpatý (Linum hirsutum), ľan tenkolistý (Linum tenuifolium), ľanolistník Dollinerov (Thesium dollineri), ostrica nízka (Carex humilis), psojazyk uhorský (Cynoglossum hungaricum), rebríček panónsky (Achillea pannonica), rebríček žltkastý (Achillea neilerchii), rumenica Visianova (Onosma visianii), ryžovka zelenkastá (Piptatherum virescens) ku ktorým pristupujú sinokvet mäkký veľkoúborový (Jurinea mollis subsp. macrocalathia), včelník rakúsky (Dracocephalum austriacum) a zlatovlások obyčajný (Crinitina linosyris)